O Compêndio da Matéria Médica possui 52 volumes, contendo 1.892 tipos de medicamentos, incluindo 374 medicamentos novos e 11.096 prescrições. O livro também contém 1.160 ilustrações requintadas, cerca de 1,9 milhão de palavras, e está dividido em 16 partes e 60 categorias. A classificação dos medicamentos no livro alterou o método anterior de classificação dos graus superior, médio e inferior nos trabalhos fitoterápicos, e adotou a classificação científica de “analisar as tribos e categorias, revitalizar o contorno e dividir as ordens”. Ela divide os medicamentos em medicamentos minerais, medicamentos vegetais e medicamentos para animais. Os medicamentos minerais são divididos em quatro partes: ouro, jade, pedra e salmoura. A categoria de fitoterápicos é dividida em cinco partes: grama, vale, vegetal, grama frutífera, grama de montanha, grama perfumada, grama venenosa, grama aquática, grama rasteira, grama de pedra e madeira de acordo com o desempenho, morfologia e ambiente de crescimento do plantar; a categoria animal é organizada na ordem de evolução de baixo para cima, incluindo seis partes: inseto, escama, concha, pássaro, animal e humano. Esta classificação fez a transição para um sistema baseado na evolução natural.
